Rencontre avec le microbiote intestinal, des bactéries amies pour la vie

Radio, télévision, internet, revues et ouvrages divers… il est sur absolument TOUS LES SUPPORTS : le microbiote est LE SUJET BUZZ DU MOMENT. Et pour cause : les dernières décennies de recherche nous confirment qu’il intervient absolument à tous les niveaux et à chaque instant de notre vie.

Autant te dire qu’il va falloir que tu te mettes rapidos à la page si tu veux conserver le leadership dans ton bar de quartier, ou ces satanés altermondialistes amateurs de laitue risqueraient de prendre le contrôle.

* Le microbiote à la loupe

Si on regarde la balance, l’ensemble du peuple bactérien pour un individu représente… à peine moins de 2kg à la pesée. Et lorsque l’on traduit cela en chiffres, ça en devient carrément flippant.
Chacun d’entre nous abrite en effet près de 100 000 milliards de bactéries, soit environ 10 fois plus que les cellules qui nous composent – c’est la raison pour laquelle on entend souvent que l’homme est « à 90% bactérien ». En effet, chez un humain adulte, on recense plus de 160 espèces différentes ! De fait, on évalue le métagénome (nombre de gènes) de cette population bactérienne environ 150 fois supérieur au nôtre ; le microbiote intestinal compterait ainsi près de 3 millions de gènes.
Dernier truc à savoir : la densité de population n’est pas la même tout le long du tube digestif. Aussi, plus on se situe haut dans l’intestin (zone « propre » du système digestif) moins on rencontre de bactérie ; et plus on approche de la sortie, plus la population est concentrée. C’est dans le côlon qu’on atteint le « climax », avec près de 1011 bactéries par gramme de matière. J’espère que sachant ça, tu ne te sentiras plus jamais seul.

L’angoisse te saisit, ton souffle est court : ELLES SONT PARTOUT. Pas de panique car en réalité, c’est une super bonne nouvelle ! Promis juré craché, et si tu doutes encore, les prochaines lignes devraient achever de te rassurer.

Un organe à part entière, pour de multiples missions

Tu me diras, tant qu’à être blindé de microbes et bactéries des pieds au menton, autant que ça serve à quelque chose, non ?
Tu ne crois pas si bien dire, car c’est grâce à la présence de ces organismes vivants que tu es toi-même en vie, qu’on se le dise. Ton microbiote prend en charge tout un tas de fonctions que tu n’as toi-même pas eu besoin de développer : à ce titre, il peut être considéré comme un organe vital à part entière. D’ailleurs, le nombre de missions dans lequel il est impliqué est tout simplement renversant… et la science en découvre de nouvelles chaque jour.

Des fonctions digestives et métaboliques

Tu es strictement incapable de dégrader certains résidus alimentaires ? Pas de souci, ta flore intestinale va s’en charger pour toi. L’exemple le plus édifiant, c’est celui des fibres : l’organisme humain ne possède pas les enzymes nécessaires à leur dégradation. Ton microbiote va donc les fermenter et produira alors des gaz, mais aussi des acides aminés essentiels (plus particulièrement tyrosine et tryptophane) ainsi que les vitamines B et K qui, jusqu’alors, n’avaient pas pu être synthétisées par ton système digestif.

Non contentes de déjà réaliser pour toi cette tâche ingrate, tes amies les bactéries se positionnent également sur l’ensemble des missions que tu ne sais pas réaliser : hydrolyse des amidons et des polysaccharides, conversion de certains nutriments en produits assimilables, régulation des minéraux en excès (magnésium et calcium)… Bref, sans elles, il manquerait un paquet de rouages pour faire tourner la machine correctement.

Des missions de protection

La flore intestinale, dans toute sa diversité, est également l’un des piliers du système immunitaire. Quand certains micro-organismes neutralisent eux-mêmes des polluants, d’autres luttent directement contre les infections de pathogènes. C’est par exemple le cas d’Escherichia coli, si décriée lorsqu’elle est dans sa forme agressive – alors que l’on oublie trop souvent qu’elle sécrète gentiment sa propre substance bactéricide, nous protégeant en permanence des invasions d’indésirables.

Back to the origins : la genèse du microbiote

C’est lors de cette sainte journée, au terme d’un effort incroyable de ta mère en sueur, que tu as fait la connaissance de tes premières bactéries. Le jour de ta naissance, au milieu des cris et contractions, tu rencontres en effet la flore vaginale de ta mère juste avant même ton premier contact avec la lumière du jour. Celle-ci te colonise aussi sec et constitue les prémices de ce qui deviendra ton microbiote intestinal. Son développement est ensuite soutenu chaque jour grâce au lait maternel – mais aussi, de tout ce que l’enfant va expérimenter et goûter dans les premiers moments de sa vie !

Ainsi, le microbiote évolue très rapidement et se transforme au gré des « rencontres bactériennes » de l’enfant. Fonctionnel à partir de trois ans, il est donc témoin de notre histoire, et surtout une véritable carte d’identité de l’individu !
Parfaitement adapté à notre environnement et à nos habitudes, il est absolument propre à chacun… et continue d’ailleurs d’évoluer et de se spécialiser pour nous correspondre au mieux tout au long de la vie.

* Coup de gueule : Foetus en colère !

On a répété 1000 fois à maman de ne pas boire d’alcool et de ne pas fumer de clopes pendant la grossesse. Ça tient la route, pas question d’intoxiquer le kid avant même qu’il ne vienne au monde. Aujourd’hui, c’est en porte-parole de tous les enfants à naître que je viens à rajouter une précaution au moins aussi importante : prends soin de ton alimentation, Maman !

C’est en effet toi qui, à travers ton microbiote, va me transmettre les bases de ce qui sera demain garant de la qualité de mon métabolisme et de mon immunité… alors fais moi plaisir, prends en soin ! Et pour toi qui ne saurait m’accoucher naturellement et choisira la césarienne, ou pour toi qui sera dans l’incapacité de m’allaiter, pense bien à me soutenir avec de bons probiotiques !

* Une histoire de fibres

Une autre étude, menée par l’INRA en partenariat avec le CNRS de la région Rhône-Alpes, a récemment prouvée qu’une alimentation riche en fibres enrichit et stabilise le microbiote humain. Pour cela, ils ont soumis deux groupes d’étudiants en pleine forme à des régimes plus ou moins riches en fibres (40g / jour pour les premiers, 10g / jour pour les seconds). Sans surprise, il a été constaté que le groupe d’étudiants à l’alimentation la plus riche en fibre possédait un microbiote beaucoup plus diversifié. Or on sait désormais de source sûre que les cas d’obésité, de cholestérol ou de diabète vont généralement de pair avec une flore intestinale limitée. Ça donne envie de se mettre aux fruits et légumes, pas vrai ?

Mais ce n’est pas tout. Au sein du groupe « riche en fibres », les chercheurs ont également constaté une chute considérable de l’activité métabolique des bactéries qui se nourrissent de notre mucus intestinal bien aimé. En effet, ce délicieux mucus protecteur est rempli de glyco-protéines dont nos bactéries peuvent se nourrir quand elles ont un petit creux – ce qui, tu l’auras compris, n’arrange pas nos affaires. Mais, si on leur présente régulièrement leur ration de fibres et qu’elles s’en trouvent bien repues… Aucune raison qu’elles nous grignotent !

J’espère que tu m’as préparé ton plus beau billet, car ma comparaison forestière ne s’arrête pas là.

Comme dans la forêt, les individus qui composent ton microbiote se comportent non pas comme des individus isolés, mais comme une somme d’espèces qui travaillent en parfaite collaboration et qui s’entraident ou se nourrissent les unes les autres.

Tout ça pour créer un équilibre subtil, mais absolument indispensable. Ainsi, certaines souches aérobies consomment l’oxygène pour que subsistent les bactéries anaérobies. Elles-mêmes dégradent des nutriments et libèrent des produits nécessaires à la survie d’autres espèces, etc. Exactement comme dans un milieu naturel, et c’est complètement normal !

De fait, en résumant grossièrement, il apparaît que les individus du genre Bacteroïdetes consomment en majorité des protéines animales ; quand les Prevotella préfèrent les fibres et hydrates de carbone, plutôt présents dans les céréales et les légumes. C’est alors sans surprise qu’on identifie une population nord-américaine à majorité de Bacteroïdetes, quand les centre-Africains présentent une majorité de Prevotella !

* La punclhine à faire méditer les passionnés de barbac’

Le genre Bacteroïdetes est malheureusement associé à un risque accru de cancer du côlon – tristement familier dans nos contrées occidentales… et particulièrement aux Etats-Unis, où il est en effet le cancer le plus meurtrier. En revanche, cette pathologie est encore parfaitement inconnue au bataillon dans certaines régions, qui se nourrissent plutôt de produits végétaux et où le genre Prevotella domine !

Une bonne nouvelle : même si les principales composantes restent stables au cours de la vie, il est PARFAITEMENT POSSIBLE DE FAIRE ÉVOLUER SON MICROBIOTE par l’alimentation (et aussi par d’autres moyens).

PS : tu peux voir tout ça dans le détail en lisant très vite « Quand ça va mal… au microbiote : dysbioses, un problème de famille« .

* Quand la médecine s’en mêle

Obésité, diabète, maladies inflammatoires de l’intestin, pourraient être soignées en améliorant sa flore intestinale ? S’il n’existe pas de certitudes absolues en la matière, toutes les études les plus récentes tendent à le confirmer.
On note en effet un déficit avéré d’un groupe de bactéries, les Faecalibacterium, chez les malades de Crohn – elles auraient un rôle anti-inflammatoire et protecteur de la muqueuse intestinale. D’autres part et à titre expérimental, on constate une diminution notoire du taux de récidive de ces malades après consommation de certaines levures comme Saccharomyce boulardii (présente dans la levure de bière).

Même combat pour les diabétiques de type 2 : dans leur cas ce sont leurs cellules qui posent problème et développent une résistance à l’insuline. Le glucose ne peut alors pas y être utilisé, le niveau de sucre sanguin s’élève donc à chaque bouchée – le malade doit alors artificiellement baisser sa glycémie par des traitements. Comme pour bien d’autres pathologies, la recherche confirme que le développement de cette résistance à l’insuline est directement corrélé à l’inflammation de la muqueuse intestinale. Hors, c’est bel et bien la qualité de notre flore intestinale qui nous tient loin des problèmes : on relève en parallèle une hausse significative de bactéries opportunistes et une chute des bactéries produisant le butyrate (facteurs du renouvellement cellulaire) chez ce type de patients.

Le cas de l’obésité permet d’élargir encore le champ d’action du microbiote. Les études menées sur des individus atteints confirment que leur microbiote présente un caractère particulier : l’augmentation des souches de Firmicutes modifie l’expression d’un gène de l’hôte, qui voit sa capacité à stocker les graisses nettement améliorée – jusqu’à l’excès. Pour confirmer cette théorie, des équipes de chercheurs ont inoculé le microbiote de souris obèses à des souris axéniques (initialement totalement dépourvues de flore intestinale). En seulement deux semaines, ces souris ont vu leur masse grasse augmentée de plus de 60% !

MAIS ALORS, CES FICHUES BACTÉRIES PEUVENT MODIFIER L’EXPRESSION DE NOS GÈNES ?

Tu peux tout de suite ranger la carabine – elle ne servira à rien – mais aussi flippant que ça puisse paraître, c’est exactement l’idée. En gros, en fonction de ce qui les arrange, elles vont faire évoluer ton corps dans un sens ou dans l’autre. Je n’ai pas dit qu’elles décidaient de tout mais… quand même, elles impactent beaucoup de choses. Et si elles peuvent te conduire à perdre ou prendre du poids, pourquoi elles n’iraient pas jusqu’à décider de tes goûts, de tes humeurs, ou de ton caractère tant qu’on y est ?!

La question est posée – et la réponse bouleverse. Qui n’a pas déjà lu ou entendu LA phrase tendance du XXI ème siècle : « l’intestin est notre deuxième cerveau » ? Pour le coup, je n’ai malheureusement rien à redire contre cette affirmation, si vulgairement tapageuse soit elle. Notre intestin comporte en effet plusieurs centaines de millions de neurones et possède son propre système nerveux (dit “entérique”). Celui-ci est DIRECTEMENT connecté au cerveau avec lequel il communique sans cesse via une véritable autoroute sensorielle, le nerf vague. Notre bidon transmet donc en permanence une quantité d’informations inimaginable, du type : « J’ai bien mangé, repose-toi ! », « Attention c’est toxique ! » ou encore « Pense à moi, j’ai la dalle ! ». Indications après indications, notre journée se précise et trouve son rythme entre les envies, la fatigue post-digestion, la pleine puissance ou l’allégresse !

Le microbiote trouve alors ici une place de choix : nos redoutables copines les bactéries sont capables de sécréter des substances qui stimulent les différentes cellules de l’intestin, dont les neurones, qui vont eux-mêmes communiquer le message au cerveau. Ça manque un peu de glucose dans les tuyaux ? Ni une ni deux, ta flore intestinale va te le faire savoir, et tu vas te retrouver avec une de ces redoutables envies de sucre à en braquer une pâtisserie.

Mais le trip va encore plus loin. Si ta flore intestinale est dégradée ou en très mauvais état, il y a très peu de chance qu’elle envoie des messages hyper-positifs du genre « Je me sens trop bien ! » ou « J’ai une pêche d’enfer ! » à ton cerveau. Pire, elle est capable de communiquer tout le contraire… et entretenir des humeurs un peu grises, voir des états carrément dépressifs.

L’équipe de chercheurs canadiens dirigée par Stephen Collins a merveilleusement bien illustré la relation flore intestinale / caractère. En échangeant le microbiote de souris peureuses avec celui de souris aventureuses, il a pu constater que les deux groupes de souris… échangeaient aussi complètement leur comportement.

* Humour Brice de Nice, cuvée 2018

S’ils en sont déjà à l’étude de remèdes pour Parkinson, Alzheimer, et autres pathologies neurologiques, à quand les probiotiques pour soigner ton manque de personnalité ? #jtaicassé #ramassetesdents